马蹄殿位于藏佛殿北侧，是马蹄北寺比较重要的洞窟之-。窟平面近方形，窟内有中心方柱。窟门用三，均作券顶，窟高390，宽10．06米，深8.60米。窟内南、北、西三壁凿圆拱形念，龛内已无造像，仅留门内及中心柱两则明代重绘的力士和供养人像残迹。现在窟内所见塑像均为现代新塑。中心柱正壁新塑三尊头戴桃形"班霞"，金光耀眼的佛像，中间一尊为格鲁教派创始人宏喀巴，左面一尊为宗喀巴大弟子嘉操杰塑像，右面一尊为宗喀巴二弟子克珠杰塑像。这三尊一组的塑像被格鲁教派人尊称为"杰西赛松"，意为父子三尊，极受藏传佛徒的推崇。

    宗喀巴，原名罗桑智华，一三五七年(元至正十七年)十月十日，诞生于现青海湟中县鲁沙尔镇。藏语称湟中一带为"宗喀"。故而被称为宗喀巴，意为湟水滨人。宗喀巴自幼受佛教影响很大，后通过对显密教经论多年的研究，造诣愈来愈深，逐渐形成了自己的体系。1409年，宗喀巴发起了改革西藏佛教的运动，创立了西藏佛教的新教派--格鲁派（意为善规派），僧人戴黄帽，故俗称"黄教"。此教在西藏、青海、甘肃、四川、宁夏、内蒙古等许多地区广泛流行，成为藏传佛教中的最大教派。马蹄殿中心柱前面左侧地有一凹陷的酷似马蹄的印迹，此乃天马所踩。西汉时的一天，天高云淡，丽日当空。一匹膘肥体壮，膀大腰圆的天马腾云驶雾、风驰电掣地自西天向东而去。当临近马蹄寺（时称"临松薤谷）上空时，阵阵乐音，缕缕香气穿云破雾，扑面而来。

    天马不由俯首下视，不看则已，一看立时惊呆：只见苍山叠翠，玉脉生烟、流水潺潺、白雪皑皑、佛窟遍地木鱼声声。好一处人间仙境。天马早已忘却了肩负的使命，身不由已地降临石壁，蹄落之处便留下了这不可磨灭的印迹。历史经历了千百年的变迁，石窟佛寺已满身疮痍，而这神骏蹄迹却依然如故，引人遐想，令人赞叹。清人高元振就曾写诗赞道："飞空来骥足，马立落高山。入石痕三寸，周规印一圆。不缘驰穆驼，岂意列天闲。雨剥踪仍显，霜雕粉自班。年多碑尚勒，代远色弥殷。神马峰头立，旃旄漫渡关"。也正由于这神奇的马蹄迹，"临松山遂"改名为"马蹄山"，"青松丹峡流寓"也改称"马蹄寺"，山谷中的河也成了马蹄河，连新中国成立后政府在此设置区公署时也命名为马蹄区公署。