灵岩山馆在嘉庆年间，归虞山蒋氏。咸丰年间毁于兵焚。上世纪三十年代，李根源尚见到山馆遗踪。他在《吴郡西山访古记》中，有文字记载。
现在，灵岩山馆已按原貌恢复。头门砌筑精致的砖雕门楼，题额“灵岩山馆”，塑龙吻脊，垂花篮柱，排列“寿”字花边滴水。门厅八扇荸荠色落地长窗，方砖铺地。厅中地屏一座，四周镂刻双龙戏珠图。屏风上有灵岩山馆简介。两侧墙上悬挂书画。
进入二门，题额“钟秀灵峰”。厅内楹联一副：“莲障千重此日已成云出岫；松风十里他年应待鹤归巢”。匾额和对联内容皆为毕沅当年所题。出二门，为一庭院。院内凿长方形莲池一塘，四周围以花岗岩石栏。池壁突出一个石雕龙头。若逢天降甘霖，山泉从龙嘴泻入莲池，雅趣盎然。池中一泓碧波，睡莲朵朵，绽放出紫英。锦鳞摆尾，悠游其间。
第三进为正厅，体量较大。方砖铺地五开间。中间二十四扇落地长窗，两侧各六扇半窗。厅内陈列毕沅事迹简介。太师椅、案几等家具摆放有序，皆仿昔日旧制，令人触物生情。正面墙壁正中，题“经训克家”四字，下悬园主画像。神态超然的毕沅，若有所思。两旁的一副对联，诠释了主人超脱世俗的主题：“凡事总求过得去；此心先要放平来。”
正厅两侧为厢房。左室题额“见南山斋”。语出东晋陶渊明《饮酒·二十首之五》：“采菊东篱下，悠然见南山。”两侧一副缺字联，颇有情趣。上联：“醉翁之意不在（酒）；下联：君子之交淡如（水）。缺酒少水，甘守清贫宁静致远。其阐明的人生哲理，从另一联也可领悟：“日亲日近日疏日远；自轻自贱自重自尊。”大理石座屏一具，更增添了隐居的禅味。右侧的厢房，题额“墨读庵”。此为毕沅的书房，陈列坐椅、床榻等家具，供读书之余小憩。书橱一口，尽管并非原物，但再现了“是处楼上有楠木橱一具”的昔日场景。睹物思人，倍觉亲切。其“渔樵耕读”的宗旨，从主人所撰的一联可知：“卧读陶诗未终卷；又乘微雨去锄瓜”。避开世俗求清闲，是主人宦海沉浮后向往的田园生活。
