据悉，景区记录鸟类共计122种，占全省鸟种的28.2％，隶属14目35科，属于国家二级保护的珍稀鸟类有13种，即鸳鸯、鸢、雀鹰、松雀鹰、普通鵟、白尾鹞、红隼、红腹锦鸡、白冠长尾雉、草鴞、斑头鵂鶹、褐林鴞和灰林鴞。其中尤以鸳鸯和白冠长尾雉最为重要，不仅因本地区为鸳鸯的繁殖地，而且在黔中地区，这两种珍禽仅在此发现如此多的种群。本区共有观赏鸟类87种，其纤巧秀丽的体形、艳丽缤纷的羽色、婉转多变的鸣声，与山、水、林洞相得益彰，互相辉映，形成景区内一道道动态的景观。共有食虫鸟96种，占全区鸟种的78.7%，对控制昆虫数量，维护区内生态平衡起着重要作用。
景区内共有兽类36种，隶属8目15科。其中鬣羚，斑羚、猕猴、藏酋猴、小灵猫、林麝、豹猫、穿山甲等8种国家二级保护珍稀动物，猕猴、藏酋猴在区内较为常见。
在观赏昆虫方面，萤火虫在灰华瀑布附近的岩璧上形成的“荧光岩”，为喀斯特峡谷内特有的瑰丽景观和生态旅游资源；由于区内蝶类的寄主植物资源十分丰富，黔中地区的蝶类大部分在景区都有分布，亦具较大的观赏价值。
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