将军府的主要建筑为四合院，土木结构的飞檐式“人”字梁平房，房檐朴素淡雅，画梁雕刻，院内古树参天，四棵古树是历史活的见证，站在前庭，朝前望去，似乎看到当年威严的模样，卫兵把守，官员议事，差使策马驰来，飞报战讯的景象。
为展示伊犁将军府历史，特别设置的四个“清代伊犁将军府历史陈列室”和按清代布局还原的各建筑内部陈设等展馆，充分展示了一个半世纪伊犁将军府的历史，是新疆与祖国命运紧密相连和休戚与共的历史，是各族人民在爱国主义精神的激励下，维护祖国统一，反对外来侵略，反对民族分裂的光辉历史的见证，它铭刻着外族入侵，丧权失地的耻辱，更弘扬着一种不畏强暴，紧密团结，奋起抗争，保卫疆土，不屈不挠的民族精神。
乾隆二十七年（1762年），清政府设伊犁将军，驻地伊犁惠远，乌鲁木齐设都统一员，伊犁（今霍城东南）、塔尔巴哈台（今塔城）、喀什噶尔（今喀什）各设参赞大臣一员，受命于将军，统辖全境驻防官兵，合称“四大镇”。此外，又在叶尔羌（今莎车）、英吉沙尔（今英吉沙）、乌什、阿克苏、库车、和阗（今和田）、库尔喀喇乌苏（今乌苏）、喀喇沙尔（今焉耆）、吐鲁番、古城（今奇台）、巴里坤、哈密等城，设办事大臣或领队大臣，统辖县、营各级文武官员，管理一城之事。伊犁将军负责全疆的军政边防事务，各级驻扎大臣都置于伊犁将军的统辖之下。（1883年）新疆正式建省，省府设在迪化（今乌鲁木齐），惠远城逐渐失去了全疆政治中心的地位，伊犁将军的权限缩小，主要负责北疆防务，辛亥革命后，伊犁九城的建制被取消，伊犁将军的历史使命也随之宣告终结。
陈列馆中复原的一段惠远古城城墙，在250年的历史中
由于新疆地理位置独特和边防责任重大
在将军府大门左侧还有一段遗留的古围墙，历经百年，沧桑无比
将军府门口遗留有两尊石狮，俯卧雄视，造型怪异
伊犁将军府，承载了太多的历史记忆，几经繁华，几经战火，它以默默矗立的形式警示每一个国人
院内有遗留的界碑两处，由于年代久远，上面的字迹已模糊不清，称之为“耻辱碑”，其由来真是让人感到耻辱和愤慨，这是1881年清政府与俄国签订的不平等《中俄伊犁条约》之后竖起的界碑，据说由清政府出资、由沙俄政府制作，但是，在埋设界碑时，清政府竟没有派官员到现场监督，俄方乘机将界碑向中国境内推移了20公里，立在伊犁河南岸察布查尔县境内的特奇勒干山上，对此，清政府一直未予承认，拒绝以石碑作为界碑，由此形成了40多平方公里的争议地区。新中国成立后，我国政府积极捍卫领土主权，在解决领土争端问题上进行了不懈努力。1994年4月26日，中哈两国总理在阿拉木图签订了协定，对历史遗留的40多平方公里的争议区进行了重新划分，在划分给我方的27.4平方公里的土地上，共有4块沙俄所立的石碑，分别为18号、20号、21号和22号，这4块石碑于2000年和2001年分两次运进了霍城县惠远镇前伊犁将军（清朝新疆最高行政和军事长官）府内。其中，18号界碑于2002年6月由惠远将军府移至霍尔果斯口岸，在口岸景区大门处可以看到，给后人以警示，懦弱、落后的晚清封建王朝可叹可悲，慵懒渎职的清朝官员该诛，沙俄的狼子野心昭然若揭。
